В Британии выявили 18 новых видов бактерий в данных о раке простаты — News-Medical
В Великобритании исследователи Университета Восточной Англии восстановили геномы 18 ранее неописанных видов бактерий в данных секвенирования пациентов с раком простаты. Большинство выявленных микроорганизмов происходило из ротовой полости, в частности представители родов Porphyromonas и Treponema, сообщает News-Medical.
Данные, которые ранее отбрасывали
Команда проанализировала 2176 наборов данных секвенирования, собранных международным консорциумом Pan Prostate Cancer Group. Ученые восстановили 249 почти полных бактериальных геномов в данных 194 пациентов. Из них 24 генома не соответствовали ни одному из видов, описанных ранее.
Во время секвенирования опухолей или образцов крови часть фрагментов ДНК не совпадает с человеческим геномом. Обычно такие данные отфильтровывают как шум, однако в этот раз ученые применили метагеномную сборку, чтобы восстановить из этих фрагментов бактериальные геномы. Для 16 новых организмов команда предложила временные научные названия, среди которых Candidatus Porphyromonas leptis, Candidatus Treponema oralis и Candidatus Nanosyncoccus prostatocharitus.
Больше актуальных новостей — в Telegram-канале UA.News Telegram.
Причинно-следственная связь еще не установлена
Исследователи подчеркивают, что не утверждают о способности этих бактерий вызывать рак простаты. В то же время полученные геномы могут помочь создать специфические ДНК-тесты, вырастить микроорганизмы в лаборатории и отдельно исследовать их возможную связь с агрессивным течением болезни.
Ранее команда сообщала о связи набора анаэробных бактерий, часть которых происходит из ротовой полости, с более чем вдвое высокой вероятностью прогрессирования рака простаты. В новой работе также определили вероятные условия культивирования выявленных микроорганизмов и разработали валидированный ДНК-тест для точного обнаружения одного из видов. Исследование опубликовали в журнале npj Biofilms and Microbiomes.
